(1)慢性細菌性痢疾:常有明確的急性細菌性痢疾史，從糞便、直腸擦拭或內鏡檢查中獲得的滲出物培養，分離痢疾桿菌，抗菌藥物治療有效。
(2)慢性阿米巴腸病:病變以近端結腸爲主，潰瘍邊緣潛行，潰瘍間結腸粘膜正常，糞便中可找到溶解組織阿米巴包裹或滋養體，用抗阿米巴藥物治療有效。
(3)道刺激綜合徵:糞便中有大量粘液，但無膿血。除腸道症狀外，患者常伴有頭痛、焦慮不安、注意力不集中、失眠等明顯的神經官能症狀，x線和腸鏡檢查只提示結腸痙攣等變化，沒有其他炎症病變。
(4)結腸癌:本病多見於中年後腹瀉、膿血便、腸梗阻等。x線檢查顯示，病變部位有粘膜破壞、腸壁僵硬、充盈缺損、腸腔狹窄等腫瘤徵兆，直腸診斷可接觸腫瘤，內鏡檢查可見癌症，活組織檢查可證實。但是，必須指出，有時結腸炎可以在結腸癌的基礎上併發，相反，結腸癌可以在潰瘍性結腸炎的基礎上併發。
(5)克隆病:克隆病變主要侵犯迴腸末端，腹痛多位於右下腹或臍周，內急後罕見，糞便無粘液膿血，腹部腫塊、瘻管形成，肛門和直腸周圍病竈多見x線鋇劑造影檢查迴腸末端可見線樣徵乙狀結腸鏡檢查多爲正常，直腸和結腸累積時，病變部位的粘膜呈卵石狀隆起，圓形、縱行線狀或蠕行性潰瘍
