1、病毒核酸檢測
RT-PCR(real-timerRT-PCR)法檢測呼吸道標本(咽拭子、鼻拭子、鼻咽或氣管抽取物、痰)流感病毒核酸。病毒核酸檢測的特異性和敏感性最好，能夠快速區分病毒類型和亞型，一般在4~6小時內得出結果。
2、病毒分離培養
從呼吸道標本分離流感病毒。在流感疫情季節，建議流感樣本病例快速抗原診斷和免疫熒光法檢測陰性的患者也進行病毒分離。
3、病毒抗原檢查(快速診斷試劑檢查)
快速抗原檢查方法採用免疫熒光方法，檢查呼吸道標本(咽拭子、鼻拭子、鼻咽或氣管抽取物粘膜上皮細胞)，用單克隆抗體區分甲、乙型流感，一般幾小時內還有其他膠體測試，通常可以在10~30分鐘內得到結果。快速檢查結果的說明應綜合考慮患者的流行病史和臨牀症狀:在非流行期間，陽性篩查結果可能是假陽性的流行期間，陰性篩查檢查結果可能是假陰性的這兩種情況應考慮進一步確認RT-PCR和病毒分離培養。
4、血清學診斷
檢測流感病毒特異性IgM和IgG抗體水平。動態檢測的IgG抗體水平恢復期比急性期高4倍以上有回顧性診斷意義。
