四神丸和肉蔻四神丸區別，主要包括成分不同、功效不同及適應症不同等。具體如下：
四神丸的主要成分包括煨肉豆蔻、鹽炒補骨脂、醋炙五味子、去核大棗及制吳茱萸等。成品顏色爲淺褐色至褐色的水丸，聞着有微香，吃起來略微發苦。肉蔻四神丸的主要成分包括鹽水制補骨脂、麪粉煨肉豆蔻、罌粟殼、木香、訶子肉、乾薑、麩炒白朮、甘草水制吳茱萸、白芍等。成品爲棕褐色水丸，有微香的氣味，味苦而辛。
四神丸與肉蔻四神丸在成分上有相似之處，但這兩者的功效並不完全相同。四神丸的主要功效是溫腎散寒和澀腸止瀉；肉蔻四神丸的主要功效是溫中散寒及補脾止瀉。
四神丸主要針對的是腎陽不足所致的泄瀉，能緩解腸鳴腹脹、五更溏瀉、久瀉不止、面黃肢冷等症。肉蔻四神丸可用於改善大便失調、黎明泄瀉及腸瀉腹痛、食慾不振、腰痠腿軟、面黃體瘦等症。兩者雖然都能治療瀉泄，四神丸針對的是腎虛導致的瀉泄，肉蔻四神丸針對的則是脾胃失調導致的瀉泄。
