腎結石在排除時一般都會疼，主要是因爲結石刺激輸尿管，引起輸尿管痙攣造成的，也不排除是尿道黏膜被結石劃傷所致。
腎結石在排出的過程中通常都會產生疼痛感，不過疼痛的程度有輕有重，如果疼痛嚴重，伴隨噁心以及嘔吐等消化道症狀。腎結石排出的時候需要經過輸尿管、膀胱以及尿道，當腎結石進入輸尿管當中後會引起輸尿管梗阻，梗阻近端的輸尿管會發生強烈收縮，促進尿液和結石排出，這個過程中容易產生劇烈的絞痛，疼痛感會放射至會陰部以及外生殖器，同時還會合並腎積水，造成患側腰部脹痛。
如果結石的體積比較大或者有尖銳的棱角，在經過尿道排出時可能會劃傷尿道粘膜，從而出現排尿時尿道疼痛的現象，這種疼痛感會放射至尿道口。損傷的尿道黏膜會有少量的出血，所以排出的尿液中可能會有少量的紅細胞。
