卵巢囊腫手術要根據患者的實際情況來決定是否需要進行，這主要是和囊腫的大小有關，對於比較小的囊腫，還是推薦保守治療方法，而不是馬上進行卵巢囊腫手術。
宮內膜異位症的病竈發生在卵巢上亦可形成囊腫，因囊腫內含有暗褐色粘糊狀陳舊血，似巧克力，故也稱卵巢巧克力囊腫，它通常表現爲痛經，隨着每次月經來潮，囊腫內血液逐漸增加，囊腫逐漸增大，有時甚至破裂。卵巢囊腫有雖不是腫瘤，但由於有痛經亦影響生育，患者常常很痛苦，故一旦懷疑卵巢囊腫，宜儘早就醫藥物治療及卵巢囊腫手術。
卵巢腫瘤分良性與惡性，良性腫瘤通常表現爲單側囊腫、活動、表面光、生長緩慢。惡性腫瘤表現爲雙側性或單側性，實性或囊實性，表面高低不平，但有時良惡性腫瘤在臨牀上很難區分，必須手術後經病理檢查才能最後區分，所以一旦懷疑爲腫瘤宜儘早進行卵巢囊腫手術。
以上情況就是需要卵巢囊腫手術的時機，雖然卵巢囊腫是一般都是良性的，不會造成患者很大的痛苦，但是介於卵巢囊腫對女性不孕的重大影響以及較大的癌變機率，還是需要多加關注卵巢囊腫手術的。
