功能性消化不良的發病因素尚未完全闡明，其發病的相關因素包括酸、H，pylori感染、脂肪飲食和心理因素等，下面我們來具體的介紹一下有關功能性消化不良的病因。
1)酸：酸在本病的病理生理機制中的作用未明。多數FD患者胃酸分泌正常，胃黏膜對酸或十二指腸內容物的敏感性也無異常，但抑酸治療對少數患者確實可起到緩解消化不良症狀的作用。
2)幽門螺桿菌(H，pylori)感染: 流行病學研究未能證實H，pylori感染與本病之間密切相關，但也無足夠證據排除兩者間可能存在一定的因果關係。對H，pylori感染與消化不良症狀或其病理生理機制相關性的研究表明，H，pylori陽性與陰性患者間消化不良症狀的發生率、嚴重程度、胃排空速率、餐後胃鬆弛水平以及對胃擴張的敏感性均無顯著差異。但鑑於根除H，pylori後確實有部分患者消化不良症狀得到改善，H，pylori感染仍可能在本病的致病因素中佔一席之地。
3)脂肪飲食:消化不良症狀常在高脂肪餐後加重。
4)心理因素：心理因素是否爲本病，尤其是對胃擴張高敏感患者的致病因素之一，以及是否作爲本病的調節因素、是否決定了患者的就診情況、對症狀的感受以及疾病預後等均未明確。但有證據表明，中樞神經系統對內臟高敏感性的發生起重要作用。
動物實驗研究發現，急性精神應激易增加機體對內臟刺激的敏感性，處於焦慮狀態的大鼠內臟敏感性明顯增加。類似情況也見於人類，精神不集中時，機體對胃腸道擴張的敏感性降低，而注意力集中或處於焦慮等精神緊張狀態時敏感性增高。
