近年來，國內外廣泛開展腹腔鏡手術治療巧克力囊腫。開腹手術能做的腹腔鏡手術幾乎都能完成。
巧克力囊腫雖常有一些粘連，卻很適合腹腔鏡手術剝離和止血。因爲巧克力囊腫粘連而害怕腹腔鏡手術，一般是手術醫生技術尚不夠熟練和經驗不足的表現，在這種情況下不要貿然去試着手術，因爲容易出現手術併發症比如出血、感染和損傷周圍臟器等。
腹腔鏡手術具有創傷小、恢復快和術後盆腔粘連少等優點，術後疼痛緩解率及妊娠率可達到開腹手術的效果，深受患者好評。
巧囊如果不積極治療，可能發生巧囊破裂，類似急腹症，逼迫患者急診就診，在個別缺乏治療經驗的醫院對這種新型的急腹症的認識不足，通常爲患者進行剖腹探查手術，而此時，囊腫多伴有嚴重的炎症反應，手術不容易將囊腫剝除乾淨，甚至導致一側卵巢的完全切除，患者的損失比較大。所以，綜上所訴，開展手術治療是治好巧克力囊腫的好辦法。
