非淋菌性尿道炎經過系統性治療，不會遺留後遺症，但其危害性較大，誘發不孕不育症、排尿障礙、性功能障礙等疾病。
1、不孕不育症
非淋菌性尿道炎，如果炎症硬性感染至男性前列腺、附睾以及精囊等部位可誘發局部炎症反應，影響精子質量，易誘發不育症；而女性感染該病，感染上行至宮頸、輸卵管等部位，易會誘發女性不孕症。
2、排尿障礙
多數患者小便時伴有尿道灼熱、刺痛感，影響正常排尿，嚴重時會誘發排尿障礙等重症疾病發生。
3、性功能障礙
非淋菌性尿道炎未及時治療，時間過久，病情反覆發作易導致男性出現性慾減退、陽痿、早泄等性功能障礙性疾病，影響正常性生活。
