肉痣形成原因，與具體的類型有關。色素痣是由先天性遺傳因素引起的，扁平疣和尋常疣與人乳頭瘤病毒感染有關，皮贅則是肥胖或糖尿病等原因引起皮膚代謝增殖所致。
色素痣是比較常見的肉痣，它的形成原因主要是先天性遺傳。色素痣是來源於黑色素細胞的良性增生，在胚胎髮育過程中所形成的色素細胞可能會具體到某一個部位，並在這個部位形成團痣細胞，有較爲明顯的遺傳特徵。
如果肉痣是扁平疣或者尋常疣，考慮是病毒感染造成的，主要是人乳頭瘤病毒感染。這種病毒可通過皮膚的破損處侵入，感染皮膚表皮細胞，使表皮出現凸出的疣體，用手觸摸會有輕微的癢感，也可能無任何自覺症狀。
如果肉痣是皮贅，考慮與肥胖、糖尿病等原因有關。出現這些情況後，皮膚的代謝功能會發生異常，一旦發生代謝增殖，則會引起局部增生，形成皮贅，不過這些皮贅多半不會自主擴大。
