西醫西藥對非淋菌性尿道炎的初發階段及未出現耐藥菌株的情況下的治療還是有一定療效的，但隨着耐藥菌株的出現，及對於部分尿道炎症狀持續不退，或併發前列腺炎，附睾炎，宮頸炎等合併症的患者，療效則不甚滿意。
有些不負責任的醫院採用增加藥量及很多種西藥聯合使用，超時限用藥，毒副作用太大，肝臟、腎臟的負擔過大，使肝、腎功能下降，人體免疫力也隨之下降，人體免疫力下降又使病情加重或有併發感染，形成惡性循環，久治不愈，或越治越重。
反覆大量使用廣譜抗生素導致體內菌羣失調，免疫力下降，使原本不致病的病原體，真菌，微生物大量繁殖，成爲誘發新的感染或加重原有感染的根源。如非淋患者大量使用抗生素後誘發黴菌性陰道炎或黴菌性龜頭炎等。
臨牀上，治療非淋菌性尿道炎，對於發病初期，尿道分泌物較多，尿急，尿痛等症狀較明顯的，在服用或注射敏感抗生素(先做藥敏試驗，以便準確用藥)的同時，可輔以大複方中藥內服，可以縮短治療時間，提高治療效果，以期徹底治癒。對於慢性非淋菌性尿道炎患者(病程3周以上)及尿道炎症狀持續不退，查菌陰性或併發前列腺炎，附睾炎，輸精管炎，宮頸炎，宮頸糜爛，子宮內膜炎等併發症的患者，西藥治療難以收效時，可用大複方中藥輔助治療，適當延長療程，以求達到康復的目的。
