鹼性磷酸酶偏低的原因多是身體病理性的原因，發現鹼性磷酸酶低的時候，要去醫院就診確定引起鹼性磷酸酶低的原因，然後對症下藥。
1、如果是因爲貧血而引起鹼性磷酸酶低，那麼患者就要及時補血。增加食用含鐵量高的食物， 注意多吃瘦肉、家禽、動物肝及血（鴨血、豬血）、蛋類等富鐵食物。豆製品含鐵量也較多。多吃富含葉酸食物，多吃有助於鐵吸收的水果和蔬菜。
2、如果是因爲兒童甲狀腺性能不全引起的鹼性磷酸酶偏低，那麼家長就要及時帶兒童到醫院配合治療。
3、如果是重症慢性腎炎引起的鹼性磷酸酶偏低，患者一旦確診爲慢性腎炎，在開始階段，都應該以休息爲主，積極治療，定期觀察病情變化。
4、如果是病毒性感染時其活性在正常範圍或略低引起的鹼性磷酸酶偏低。多數病毒性疾病均能自愈，少數嚴重感染者可致死亡。尚缺乏特效治療，仍以全身支持療法和對症治療爲主。用抗生素或磺胺治療無效，一些抗病毒藥物如碘脫氧尿嘧啶核苷、阿糖腺苷、無環鳥苷對皰疹病毒感染等有一定療效。
5、如果是營養不良、呆小症，維生素C缺乏症壞血病、乳糜瀉、惡病質，遺傳性低磷酸酶血癥引起的鹼性磷酸酶偏低，患者應適當補充營養，積極配合醫生對症下藥的治療。
