病毒性腦膜炎通常是急性起病，有劇烈頭痛、發熱、嘔吐、頸項強直、典型的腦膜刺激徵如Kernig徵陽性，並有全身不適、咽痛、畏光、眩暈、精神委靡、感覺異常、肌痛、腹痛及寒戰等。另外，部分患者還會出現咽峽炎、視力模糊等症狀。
如果是腸道病毒感染，還會出現皮疹，大多與發熱同時出現，持續4～10天。柯薩奇A5、9、16病毒和ECHO4、6、9、16、30病毒感染，皮膚典型損害爲斑丘疹，皮疹可侷限於面部、軀幹或涉及四肢，包括手掌和足底部。柯薩奇B組病毒感染可有流行性肌痛（胸壁痛）和心肌炎。臨牀神經系統損害症狀較少見，偶爾發現斜視、複視、感覺障礙、共濟失調、腱反射不對稱和病理反射陽性。重者可出現昏睡等神經系統損害的症狀。
病毒性腦膜炎的早期症狀和感冒時差不多的，病人會出現發熱、全身痠痛、食慾差等症狀，隨着病情發展，會出現嗜睡、抽搐等神經系統表現。隨着病情的發展，就可能出現淺昏迷、過度興奮等情緒行爲的改變。因爲這種疾病一般見於兒童，所以家長一定要密切觀察孩子的症狀，一有異常就要及時反饋給醫生。因爲在病情較輕時治療，發生腦部損傷，留下後遺症的可能性就越小。
病情輕重差異很大，取決於病變主要是在腦膜或腦實質。重症腦炎更易發生急性期死亡或後遺症。
