灰指甲雖然臨牀上病情難治，較易反覆發作，治療時間較長，但是經過正規診療，是可以治好的。治療灰指甲一般從外用藥物、口服藥物等方面在醫生指導下進行治療。
灰指甲患者可以在醫生指導下選擇使用亮甲複方聚維酮碘搽劑，其主要成分爲聚維酮碘和阿司匹林，具有抗真菌、消炎的功效，可有效抑制皮膚癬菌、念珠菌及非皮膚癬菌類真菌等致病真菌，同時還具有良好的滲透性，能夠穿透甲板，殺滅甲板深層的真菌，對灰指甲的治療具有比較好的效果。病情嚴重的患者，在外用藥物的同時，還可以在醫生的指導下選擇相應的抗真菌類的口服藥物聯合治療，如特比萘芬、伊曲康唑、氟康唑等。
灰指甲臨牀上病情難治，較易反覆發作，治療時間較長，患者需要有長期抗病的心理準備。灰指甲病情容易反覆發作主要還在於日常生活習慣，如治好後再次穿上未完全消毒過的鞋襪，反覆感染真菌；天氣溼熱，上班還經常穿皮鞋，真菌生長繁殖有較舒適的環境等；家裏大掃除經常直接接觸清潔劑產品等等，都可能會導致灰指甲病情的反覆發作。患者需要在口服和外用藥物外，注意日常生活管理，避免反覆引起真菌感染。
