假膜性腸炎由兩種菌羣引起毒素。
1、難辨梭狀芽孢桿菌
是與抗生素相關的假膜性腸炎的重要發病原因。從嬰兒的糞便中分離出來的細長的嚴格厭氧的革蘭陽性桿菌，這種細菌是體內常駐細菌，存在於正常人的腸道中。在沒有接受抗生素治療的患者中，難以區分的梭狀芽孢桿菌數量只佔厭氧菌的2%~3%，細菌產生的毒素少，甚至不產生對人體疾病的毒素。
使用大量廣譜抗生素後(如土黴素、氯黴素、四環素、氨溴索、先驅黴素等)，抑制腸道中含大腸桿菌的各種菌羣，耐藥金黃色葡萄球菌大量繁殖外毒素將這種患者的糞便塗層作爲革蘭染色，可以找到很多球菌，將這種細菌產生的毒素注射給動物也可以發生假膜性腸炎。
正常情況下腸胃是一個平衡的生態系統，腸內存在大量細菌，這些細菌的菌種和數量基本上是一定的。這些細菌有助於細菌本身和它所引起人體產生的抗體來抵抗感染。一旦某些因素使該系統失去生態平衡，就會導致疾病。抗生素最易產生菌羣的比例失調，因此是假膜性腸炎發病的重要原因之一。最常引起假膜性腸炎的抗生素依次是氨苄青黴素、氯林可黴素和頭孢菌素類。不常發生的是青黴素、紅黴素和複方新諾明。偶爾會引起氯黴素、四環素、甲硝唑和氨基糖苷類藥物。癌症和手術是一個重要的易感因素。
