慢性腸炎多是因急性腸炎遷延不愈導致的，慢性腸炎的形成多與下列因素有關：
1、慢性腸道細菌感染性疾病：如慢性細菌性痢疾、潰瘍型腸結核、沙門氏菌感染、腸道菌羣失調。
2、腸寄生蟲病：如慢性阿米巴痢疾、慢性血吸蟲病、腸鞭毛蟲病、結腸小袋纖毛蟲病、腸道蠕蟲病等。
3、非細菌性炎症:克氏病、慢性非特異性潰瘍性腸炎、結腸休息室炎、結腸息肉併發結腸炎等。
4、腸腫瘤：如結腸癌、直腸癌、小腸惡性淋巴瘤。
5、胃原性慢性腹瀉:慢性萎縮性胃炎、胃癌末期、胃空腸吻合術後。
6、胰原性慢性腹瀉：如慢性胰腺炎、胰腺癌晚期。
7、肝、膽道疾病引起慢性腹瀉。
8、內分泌、代謝障礙疾病:甲亢、慢性腎上腺皮質功能減退、垂體前葉功能減退、糖尿病。
9、尿毒症、糙皮病、放射性腸炎、硬皮病。
10、痙攣性結腸（過敏性結腸炎）、神經精神性腹瀉。
