出血性腸炎發病急，最常出現的最初症狀是突然腹痛，多在臍周。病初常表現爲逐漸加劇的臍周或中上腹陣發性絞痛，其後逐漸轉爲全腹持續性痛，並有陣發性加劇。腹痛發生後即可有腹瀉。糞便最初是糊狀的，有糞質，然後變成黃水樣，然後變成白水樣，變成紅豆湯和果醬樣，變成血狀和暗紅色的血塊，糞便少，變成惡臭。
出血量不定，輕者只有腹瀉，糞便隱血陽性無便血嚴重者一天出血量達數百毫升。腹瀉和便血時間短的只有1~2天，長的可達1月餘，間歇發作，多次發作。腹瀉嚴重的人可以脫水或代謝性酸中毒。此外，噁心嘔吐通常與腹痛和腹瀉同時發生。嘔吐物可爲黃水樣、咖啡樣或血水樣，亦可嘔吐膽汁。
發病後全身不適、虛弱、發熱等全身症狀。發熱，體溫一般在38～39℃，少數可達41～42℃，但發熱多於4～7天漸退，而持續2周以上者少見。有極少情況會出現腹部飽脹、見到腸型。在這種情況下，臍周和上腹部有明顯的壓痛。早期腸鳴聲可以亢進，然後可以減弱或消失。
