扁桃體對病毒和細菌有較好防禦效果，若受疾病因素、季節因素、細菌或病毒感染等因素，可引發炎症，引起慢性扁桃體炎。
一、疾病因素
當扁桃體鄰近組織器官患某些病症時，扁桃體會因難以抵抗而被病菌侵佔，最終誘發炎症，患者往往出現紅腫及低熱等症狀。嚴重者易出現高燒不退等現象。較常見病症有鼻竇感染及咽喉炎等。
二、細菌或病毒感染
慢性扁桃體炎發作常見原因是細菌及病毒感染。研究表明，誘發慢性扁桃體炎最常見致病菌是鏈球菌。
三、季節因素
季節更迭易增加慢性扁桃體炎發作率。換季時，天氣氣溫起伏較大，人體免疫能力可能出現異常，長時間易誘發慢性扁桃體炎。
