慢性扁桃體炎患者由於扁桃體內細菌不易清除，身體抵抗力變差，及鼻炎、鼻竇炎存在，扁桃體炎易反覆發作。復發頻繁者，應考慮手術切除扁桃體。
慢性扁桃體炎易復發。若患者身體免疫力較低，易發生感冒，感冒引起慢性扁桃體炎急性發作，出現咽痛、扁桃體膿腫等症狀。扁桃體內細菌不易徹底清除，受外界刺激後易復發。存在鼻炎、鼻竇炎也是其復發常見原因。
疾病反覆發作可引起腎炎、風溼性關節炎、心肌炎等免疫性疾病，若每年發作次數多於3次，或出現扁桃體肥大，影響呼吸，可考慮手術治療。若每年發作次數小於3次，可選擇用藥對症治療，提高身體免疫力。
