目前可應用於前列腺炎治療的抗菌藥物種類繁多，要想達到最好的治療效果，一定要選擇最合適的藥物。
治療前列腺炎選抗菌藥物時應遵循如下原則：
1.選藥前應通過前列腺液的細菌培養檢查，明確致病的細菌，選擇對細菌有較高敏感性的藥物，
2.確定應用的藥物應以高脂溶性、高滲透能力、與血漿蛋白結合率低、離解度高的藥物爲標準，兩種以上並有增效作用的藥物建議聯合使用。
3.使藥物在前列腺間質中達到有效濃度及防止尿道感染的發生，應提倡超大劑量和超時限(4~12周)的用藥法。
4.在用藥方向不太明確的情況下，應該優先考慮採用抗菌譜大、覆蓋面廣泛的廣譜抗菌藥物。
5.經驗治療：研究表明，前列腺炎條件致病性細菌，80%是大腸埃希桿菌，餘下的20%可以是變形桿菌、產氣桿菌、棒狀桿菌等，在沒有前列腺液細菌檢測資料作爲參考時，可以採用含氟喹諾酮類抗菌藥物。
根據有無細菌入侵，前列腺炎可分爲細菌性前列腺炎與非細菌性前列腺炎，對於病竈中沒有致病菌的患者，不宜選擇抗菌藥物進行治療，應果斷採取其他有效治療措施。
