寶寶腸胃紊亂程度較輕的可以自愈，但是由於消化道疾病引起的胃腸功能紊亂，通常無法自愈。
如果出現輕微的腸胃紊亂，如果是因爲腹部受涼或者是飲食方面的原因，可以適當地調節下飲食習慣以後，腸胃功能紊亂的情況就會好轉，如果病情輕微，則可以自愈。
若是寶寶腸胃紊亂的症狀較爲嚴重時，就要考慮寶寶是否是腸道菌羣失調或者是腸道疾病與環境的因素所導致的，這種情況下寶寶腸胃紊亂是無法自愈的。患者應到當地醫院進行諮詢遵醫囑接受治療。決定胃腸功能紊亂是否可以自愈的重要因素主要是消化系統功能的強弱，青壯年相較於老年人及嬰幼兒，腸胃自行調節能力強，自愈概率高。
對於疾病引起的腸胃紊亂，其自愈的可能性比較低，如果出現該情況，建議及時就診，在專科醫生的指導下，積極治療。
