慢性腹瀉的主要危害之一是會導致腸道菌羣失調，可誘發真菌性腸炎、腸出血等多種大腸疾病，嚴重時可能會導致腸穿孔。同時會因爲長期性腹瀉而出現免疫力下降的情況，且會因此而發生繼發性感染。除此之外，還會引起營養不良和肝腎功能異常。
拉肚子是人羣當中最爲多見的一種不良症狀，只是發作特點有所不同而已。而如果是患有慢性腹瀉，便會出現病情長時間發作的情況，此時便不可避免的會給身體帶來較大不良影響，故患者就務必要提高警惕性。那麼，慢性腹瀉的危害是什麼呢？
1、腸道功能受損
長期慢性腹瀉可導致腸道內菌羣發生失調，尤其是益生菌與致病菌的動態平衡狀態會受到破壞。此時便會讓腸道功能發生異常，輕微時會有反覆性拉肚子和大便異常等反應，嚴重情況下可能會進一步誘發多種大腸疾病，比如真菌性腸炎、腸出血以及腸套疊等，臨牀方面還有出現腸穿孔的病例。
2、繼發性感染
慢性腹瀉在持續性發作期間必然會導致身體免疫能力大大降低，可出現繼發性感染的情況。特別是小兒患者，會因此而出現鵝口瘡及多種真菌感染性疾病，有時炎症也會擴散遷移到上呼吸道以及泌尿系統。
3、營養不良
營養不良是慢性腹瀉最爲多見的一種危害。由於反覆性拉肚子會導致體內大量營養物質及水分流失，且發病期間需要嚴格注意飲食調理，很容易導致營養失衡，甚至出現營養不良的病症。部分患者可出現各種維生素缺乏症，比如維生素A或維生素D缺乏症等。
4、肝臟功能異常
慢性腹瀉往往可讓肝臟受到累及。當屬於重型腹瀉時，就可能會出現皮膚髮黃和眼睛鞏膜黃染等症狀，也就是通常所說的黃疸。如果去醫院接受針對性檢查，可發現有中毒性肝炎的病竈。這種併發症在病因爲敗血症等患者當中最爲常見。
5、其它危害
若不能正確有效治療慢性腹瀉，可進一步影響到腎臟及心臟功能，出現急性腎衰竭和心力衰竭一類併發性疾病。另外，根據病例研究發現，也有發生感染性休克、中毒性腦病的機率。
