非淋菌性尿道炎不影響生存期，保持正常壽命。但是該病易合併其它併發症、導致不孕不育、排尿障礙、性功能障礙。
1、合併其它併發症
非淋菌性尿道炎炎症可上行或下行感染，合併男性前列腺炎、附睾炎、尿道腺炎、睾丸炎；女性盆腔炎、宮頸炎。
2、導致不孕不育
非淋菌性致病菌逆行感染至男性前列腺、精囊、附睾，易導致精子異常合併不育症；感染至宮頸、子宮內膜、輸卵管等部位，引起不孕症。
3、排尿障礙
排尿時，尿道口伴有灼熱或輕度刺痛。患者主訴尿道口紅腫、灼痛，嚴重時導致排尿障礙。
4、性功能障礙
男性患者未及時治療容易誘發性慾減退、陽痿、早泄等性功能障礙，影響正常生活。
