新生兒腹瀉水樣便需對症治療，主要是以補液爲主，還要針對發病原因及治療。
新生兒腹瀉水樣便首先要進行對症治療，這種類型的大便會導致患兒體內的水分以及電解質丟失，造成脫水和電解質紊亂的情況，所以要及時補水。可以給新生兒喂些溫開水，也可以口服補液鹽來預防脫水，如症狀嚴重，則需要靜脈補液。
新生兒出現腹瀉水樣便的現象，多半都是病毒感染引起，常見的是輪狀病毒感染。輪狀病毒感染並沒有特效的治療藥物，而且該病有一定的自限性，如病情較輕只需要在補液之後觀察即可，一般1~2周便會好轉。如超過兩週沒有好轉，而且腹瀉症狀比較嚴重，考慮是細菌感染或腸道功能失調等原因造成的，可以應用抗生素類藥物、腸道益生菌類藥物治療，如阿莫西林顆粒、頭孢克肟顆粒、枯草桿菌二聯活菌顆粒等。
