流行性腮腺炎不治療或治療不當，可引起腦膜腦炎、胰腺炎、卵巢炎、及睾丸炎等，其病發率約14%左右。
一、腦膜腦炎
流行性腮腺炎可能導致腦膜腦炎，男孩比女孩患病率高，有時出現腮腺腫大等，常見症狀爲頭痛嘔吐。20%病人出現驚厥，主要以淋巴細胞爲主，有良好愈後效果。
二、胰腺炎
流行性腮腺炎可能導致胰腺炎，臨牀上較常見症狀有發熱，嘔吐，腹瀉或便祕及上腹部疼痛，若沒有出現腮腺腫大，可能被誤以爲是胃腸炎。
三、卵巢炎
青春期女性患病後，可出現卵巢炎，如下腹部位有疼痛感，出現發熱、月經失調，情況嚴重有卵巢壓痛感。
四、睾丸炎
男性流行性腮腺炎可能出現睾丸炎，出現率約在14%左右。
