重症肌無力的治療首選胸腺切除，術後依據病情給予免疫治療：若患者不願手術或存在手術禁忌症，可給予大劑量激素衝擊治療。若不能應用激素可選用免疫抑制劑；若不能耐受免疫抑制劑，可選用血漿交換或大劑量免疫球蛋白治療。
1.胸腺切除：大部分MG伴有胸腺增生的患者胸腺切除術後臨牀症狀改善，少部分術後需要免疫治療。胸腺瘤患者摘除胸腺主要是針對腫瘤，可能對肌無力改善不明顯。特別注意，胸腺摘除後部分患者會出現肌無力加重。
2.腎上腺皮質類固醇：多采用大劑量甲強龍衝擊療法，逐漸減量，爲使激素撤藥順利，可同時加用免疫抑制劑。特別強調部分患者在激素應用早期會出現肌無力加重，甚至出現肌無力危象。此外，應注意激素應用的禁忌症及副作用，並同時補鉀、補鈣及抑酸。
3.免疫抑制劑：常用的有硫唑嘌呤，環孢素等，應用時應注意監測血象、肘臂功能。
4.血漿置換：主要用於肌無力危象或作爲胸腺摘除圍手術期用藥，持續時間短，需要補充新鮮血漿，操作過程繁雜，易出現併發症。
5.免疫球蛋白：療效與血漿交換相似，使用方便。缺點是費用較高。
6.危象的處理：主要是糾正呼吸衰竭，採用氣管插管或氣管切開，呼吸機輔助呼吸，保持呼吸道通暢，抗感染，應用免疫抑制劑治療。根據危險的不同類型進行相應處理。
