重症肌無力的治療方法包括：
1.胸腺摘除 全身型和迅速進展的MG病人均應考慮行此手術，將胸腺摘除和非手術組MG病人按年齡和病情嚴重度相匹配，經研究發現，手術組病人的緩解率和好轉程度約爲對照組的2倍。術後數月內，約25%～35%病人緩解，60%～80%好轉。對胸腺瘤病人，術後一般繼以放療。一般認爲劈開胸骨正中切口比經頸切口好，切除完全。由有經驗的胸外科、ICU和神經科醫師共同配合，是降低手術死亡率、提高手術療效的關鍵。
2.大劑量腎上腺皮質類固醇 一般從大劑量開始，每日或隔日給予；因小劑量漸加的方法既不能消除、也不能減輕，而只是維持其用藥早期病情不會加重。可用潑尼鬆60～100mg，或地塞米松10～20mg靜脈滴入。
3. 環磷酰胺 每次1000mg，靜脈注射，每5天1次；或每次200mg，靜脈注射，每週2～3 次；或口服100mg，一般總量達4～6g起效，直至總量8～10g，兒童3～5mg/kg體重(不超過100mg)，分2次用，好轉後減量，用2mg/kg體重(不超過50mg)維持。當血白細胞低於4×109/L或血小板低於100×109/L時減量；當血白細胞低於3×109/L或血小板低於60×109／L時停用。主要副作用爲血白細胞、血小板減少，脫髮，出血性膀胱炎等。可用於病人不願或不能用胸腺摘除和腎上腺皮質類固醇的病人，尤其有高血壓、糖尿病的MG病人，無明顯副作用，療效較好。
