中華預防醫學會微生態學分會兒科學組依據牛津循證醫學中心(OCEBM)臨牀證據水平分級與推薦意見強度的標準，對近10年來國內兒童使用的益生菌臨牀應用文獻進行了系統地檢索評價，以此制定了針對國內使用的益生菌兒科臨牀應用循證指南。
1.嬰幼兒溼疹，推薦使用( 療程一般1個月 )：
雙歧桿菌三聯活菌散
雙歧桿菌乳桿菌三聯活菌片
雙歧桿菌四聯活菌片
酪酸梭菌活菌散劑
枯草桿菌二聯活菌顆粒
凝結芽孢桿菌活菌片
布拉酵母菌散
酪酸梭菌二聯活菌散
注意，對於食物過敏、過敏性鼻炎和哮喘的輔助治療，國內僅有個別報道，無法形成推薦意見。
2.預防過敏性疾病，推薦使用
特別是對於發生過敏性疾病高風險的嬰兒，推薦母親在妊娠後期和哺乳期及出生以後嬰兒使用益生菌。
3.功能性便祕，推薦使用：
雙歧桿菌三聯活菌散(A級證據)
雙歧桿菌三聯活菌腸溶膠囊
雙歧桿菌乳桿菌三聯活菌片
枯草桿菌二聯活菌顆粒
酪酸梭菌二聯活菌散
布拉酵母菌
和地衣芽孢桿菌
4.乳糖不耐受症， 推薦使用：
雙歧桿菌乳桿菌三聯活菌片
枯草桿菌二聯活菌顆粒
雙歧桿菌三聯活菌散
酪酸梭菌二聯活菌散
5.兒童腹瀉病，推薦使用：
急性腹瀉：
布拉酵母菌散(A級證據)
雙歧桿菌三聯活菌散(A級證據)
雙歧桿菌四聯活菌片
枯草桿菌二聯活菌顆粒
酪酸梭菌活菌散劑
酪酸梭菌二聯活菌散
地衣芽孢桿菌活菌顆粒
複合乳酸菌膠囊
雙歧桿菌乳桿菌三聯活菌片
雙歧桿菌三聯活菌腸溶膠囊
遷延性及慢性腹瀉：
布拉酵母菌散
雙歧桿菌三聯活菌散
雙歧桿菌三聯活菌腸溶膠囊
雙歧桿菌四聯活菌片
枯草桿菌二聯活菌顆粒
酪酸梭菌活菌散劑
雙歧桿菌乳桿菌三聯活菌片
複合乳酸菌膠囊
6.早產兒餵養不耐受，推薦使用：
雙歧桿菌乳桿菌三聯活菌片
雙歧桿菌三聯活菌散
雙歧桿菌三聯活菌膠囊/腸溶膠囊
枯草桿菌二聯活菌顆粒
酪酸梭菌活菌散
布拉酵母菌散
酪酸梭菌二聯活菌散
雙歧桿菌活菌膠囊
7.預防反覆呼吸道感染，推薦使用(療程2～3個月)：
酪酸梭菌活菌散劑(A級證據)
酪酸梭菌活菌散劑
酪酸梭菌二聯活菌散
雙歧桿菌三聯活菌散
