很多人聽說做腸鏡需要從肝門進入，因此對腸鏡檢查都產生了抗拒心理，一方面因爲尷尬，另一方面擔心做腸鏡太痛苦自己會承受不了。但是對於患者來說，即便是尷尬需要做的檢查也是必須要做，因爲這直接關乎到自己的健康，而做腸鏡會有些難受的感覺，並不會像很多人想象的那樣痛苦。那麼腸鏡是怎麼做的呢？
首先，需要檢查的患者在檢查前一天需要服下醫生開的清腸藥物，需要把腸道清理乾淨纔不會讓異物擋住腸鏡的視線。清腸藥物的服用量需要按照醫生的要求來服用，如果腸道沒有清理乾淨那麼將沒有辦法進行下一步的腸鏡檢查。
然後就是在檢查室檢查的過程，檢查時需要把下衣脫光，側躺於診牀上，醫生會把帶有鏡頭的檢查管從患者肛門插入，並不斷進行推進，在推進的過程中需要加氣來擴充腸道，此時患者會有腹脹的感覺。
檢查時醫生會詢問患者是否有不適感，而且會不斷的對腹部進行按壓，來確定腸部膨脹的程度，此時如果有十分難受的感覺應該告知醫生。腸鏡在腸道內整個檢查的過程都可以在外部的顯示器中展現，可以看到腸部的病變。這就是做腸鏡的全過程。
