慢性乙肝的主要治療方法就是抗病毒治療，因此治療藥物主要是起到抑制病毒複製的功效，這類藥物是可以最終清除乙肝病毒的。這類的藥物主要有：干擾素（普通干擾素、長效干擾素）和核苷（酸）類似物，核苷（酸）類似物的藥物有拉米夫定，阿德福韋酯，替比夫定，恩替卡韋，替諾福韋酯，克拉夫定等，都是專門治療乙肝的藥物。
除了以上這些西藥，一些中藥也有治療乙肝的作用，不過中藥是重在調理，主要是增強患者的免疫力來是實現的，中藥材中的山藥、茯苓、當歸、黃芪、人蔘、刺五加、黨蔘、山茱萸、何首烏、靈芝等，都是通過提高患者機體免疫能力來幫助抗病毒的。
