干擾素雖然對乙肝病毒有效，但也是有適應症的，並非對什麼樣的乙肝都能“干擾”，如用藥不當，還會加重病情，適得其反。
1.慢性遷延性肝炎或慢性活動性肝炎，轉氨酶在150-200單位，應用干擾素可產生更多的抗病毒蛋白及多種免疫調節因子，能更好地發生應答反應，以清除乙肝病毒。
2.所染乙肝病毒爲野生株，未發生變異。
3.血清遊離鐵處於低水平，因爲血清中的遊離鐵可拮抗干擾素。
4.肝活檢有活動性炎症病變，如碎屑樣壞死。
5.無重疊感染丙肝、丁肝。
6.病程較短。
下列情況應用干擾素效果差、無效或有害：
1.乙肝病毒攜帶者，干擾素無法發揮作用。
2.乙肝病毒已發生變異，干擾素很難奏效。
3.乙肝來自於垂直感染，如母嬰感染或父嬰感染。這類乙肝病毒多具免疫耐受、基因整合和基因變異的特點，干擾素對這類情況常常無可奈何。歐美的乙肝垂直感染只佔6%，他們使用干擾素治乙肝效果明顯，而我國的乙肝80%爲垂直感染而來，所以用進口的干擾素治療國人的乙肝往往療效平平，表現出明顯的“水土不服”。
4.重型肝炎。因爲重型肝炎，尤其是失代償性肝炎後肝硬化，應用干擾素後，有加重肝損害、導致病情惡化甚至使病人死亡的可能性。
