先天性心臟病有三種治療方法，治療的方法要根據病情而定。包括：
1、藥物治療。
2、手術治療。先天性心臟病的外科手術要根據心臟畸形的種類和病情的嚴重程度等綜合因素決定。手術方法可分爲：根治手術、姑息手術、心臟移植三種。姑息手術僅能起到改善症狀的作用而不能起到根治效果，主要用於目前尚無根治方法的複雜先心病，爲根治手術創造條件，如改良Glenn、Fontan手術，或者作爲一種預備手術，促使原來未發育完善的結構生長髮育，如體—肺分流術等。根治手術可以使患者的心臟解剖回到正常人的結構。心臟移植主要用於終末性心臟病及無法用目前的手術方法治療的複雜先心病。
3、介入治療。分爲兩種，一種是用球囊擴張的方法解除血管及瓣膜的狹窄，如主動脈瓣狹窄、肺動脈瓣狹窄、主動脈縮窄等；另一種是利用各種記憶金屬材質的特質封堵器堵閉不應有的缺損，如房間隔缺損、室間隔缺損、動脈導管末閉等。介入治療是非常有效的治療方法，不僅可避免開胸手術的風險，而且住院時間短、恢復快。
