配方奶粉與普通奶粉的區別是構成的不同。配方奶粉爲了使奶粉內容更接近母乳構成，改變了裏面的酪蛋白爲乳清蛋白、飽和脂肪酸爲不飽和脂肪酸、乳糖、礦物質等的含量，將蛋白質分解爲更小的因子，使之變成適用於有各種特殊體質的寶寶們。而普通奶粉中的牛奶蛋白分子都是完整的，沒有經過改造的，適合一般的寶寶們。
添加成分不同也有一定影響。配方奶粉中添加了更多獨特的微量元素，用來針對有不同身體需求的寶寶們，比如易拉肚子、易溢奶、或者有過敏體質，牛初乳過敏體質的寶寶們，更有針對性。而普通奶粉則含有豐富的蛋白質、氨基酸、維生素、礦物質等，營養均衡、全面，適合一般的寶寶們。
