一般而言，對衣原體感染有效的藥物對支原體感染也有效。必要時，可採用四環素類藥物（常用的有四環素、多西環素、米諾環素）、大環內酯類藥物（常用的有紅黴素、琥乙紅黴素、羅紅黴素、阿奇黴素）和喹諾酮類藥物（常用的有氧氟沙星、左氧氟沙星）及大觀黴素、克林黴素、克拉黴素等治療生殖道支原體感染，療程爲1～2周。其中紅黴素對人型支原體無效，克林黴素對解脲支原體無效。
對女性盆腔炎，應考慮其多因素性，治療應包括針對淋球菌、沙眼衣原體、人型支原體及厭氧菌的抗生素，國外推薦頭孢西丁+多西環素或克拉黴素+慶大黴素的聯合治療方案。對於可能由支原體感染引起的前列腺炎，宜採用米諾環素治療，因爲米諾環素能穿過前列腺包膜而在前列腺內達到殺滅支原體所需要的藥物濃度。
值得提出的是，前列腺炎病因複雜，抗生素治療的效果並不一定好，需採用綜合療法，而且最好聽從泌尿外科專家的意見進行治療。近來，解脲支原體對抗生素的耐藥性問題已引起多方注意，濫用抗生素可能是導致解脲支原體耐藥的重要因素。解脲支原體對四環素的耐藥株佔10%～20.6%，對多西環素的耐藥株佔8%～27.5%,對紅黴素的耐藥株佔10%～52.4%。解脲支原體和人型支原體對氧氟沙星的耐藥株佔近20%。此外，對羅紅黴素及阿奇黴素耐藥的解脲支原體也有報告。由於解脲支原體對抗生素的耐藥性有日漸增加的趨勢，臨牀用藥時應予以注意。有專家主張在治療解脲支原體感染時，爲了減少或防止耐藥株的出現，宜採用2～3種不同類型的抗生素聯合治療。同時，還可給予中藥利尿消炎丸治療。
