如果自閉症不及早採取專業的治療，將會影響孩子正常的生活和學習。而且隨着孩子的年齡增長自閉症還會延續至成年，甚至是伴隨終身。那麼自閉症的原因有哪些呢？
1、遺傳因素
有研究表明該症同卵雙生子同病率(36%-96%)明顯高於異卵雙生子同病率(0-24%);同胞患病率爲2.5%-3%，比普通人羣高50-100倍，提示該症與遺傳因素有關。此外，還有研究報道約5%該症患者存在X綜合徵;患者還可能存在其他染色體異常，如15號染色體異常。
2、腦器質性因素
該症患兒有圍生期損害史、腦電圖異常神經系統軟體症及癲癇發作者多。磁共振研究表明部分患兒存在第四腦室擴大、小腦蚓部小葉發育不良及腦幹明顯縮小。尸解研究發現患者顳中回及小腦存在細胞學異常。以上均提示本症與中樞神經系統異常所致的功能障礙有關。
3、神經生化因素
目前研究發現三分之一孤獨症患兒血5-羥色胺增高，但這種現象也存在於患兒親戚中，故其重要性和具體意義尚不明確。還有研究表明腦脊液中多巴胺代謝產物高香草酸水平的增高與該症的刻板行爲有關，5-羥色胺代謝產物5-羥吲哚乙酸的增高與症狀的嚴重程度有關。
4、免疫學因素
已有研究表明部分孤獨症患兒T淋巴細胞、輔助T細胞和B淋巴細胞數目減少，抑制-誘導T細胞缺乏，自然殺傷細胞活性降低，由此可能導致患兒在嬰兒期或新生兒期易受病毒感染，導致中樞神經系統受損，從而發生孤獨症。
