新生兒呼吸暫停的治療方法要從原發疾病着手。如果新生兒呼吸暫停不能確定其原因的話，可採用下列治療方法：
1、供氧
呼吸暫停患兒都需供氧，往往由於糾正了被認識的低氧血癥而減少呼吸暫停的發作。
2、增加傳入衝動
發作時給予患兒託背、彈足底或給予其他的觸覺刺激常能緩解呼吸暫停的發作，但是其缺點是需要專人守護。將患兒置於振動水牀，可以通過增加前庭的位覺刺激，而增加呼吸中樞的傳感神經衝動，減少呼吸暫停的發作。
3、藥物治療
茶鹼或氨茶鹼是治療呼吸暫停的最常用治療藥物。茶鹼可能直接刺激呼吸中樞或增加呼吸中樞對CO2的敏感性，使呼吸頻率增加，減少呼吸暫停的發作。其機制是由於抑制磷酸二酯酶，增加cAMP和兒茶酚胺的水平。
枸櫞酸咖啡因也是通過刺激呼吸中樞而令呼吸頻率加快，但其毒性較低。藥物有效血濃度在8～20mg/L，每3～4天測定1次。當血濃度>50mg/L時，可出現噁心、嘔吐、心動過速、心律紊亂、利尿和煩躁，甚至驚厥。苯甲酸鈉咖啡因不用於早產兒呼吸暫停，因苯甲酸鈉可與膽紅素競爭白蛋白結合點，增加核黃疸的危險。
多沙普倫也是常用的呼吸中樞興奮類藥物。有研究報道指出，本品的效用主要體現在茶鹼以及咖啡因治療無效時。一般療程爲5天，必要時可延長療程。有效血濃度<5mg/L。毒性作用：抖動、抽搐、心率增快、高血糖、腹脹、嘔吐、輕度肝功能損害和高血壓，停藥後可消除。有心血管疾病或抽搐禁用。由於需要靜脈持續點滴和其毒性作用，限制了本藥的應用。
4、持續氣道正壓（CPAP）
一般供氧不能緩解呼吸暫停者可用CPAP，常用的是雙側鼻塞或氣管內插管方法，壓力在0.3～0.5kPa，其機制可能與糾正缺氧有關。
5、機械通氣
機械通氣是在上述治療方法無效，或效果不強並伴有低血氧症或明顯心動過緩時使用。無肺部疾患者呼吸機預調參數：FiO20.25～0.3或上機前的氧濃度。pip1.4～1.9kPa（15～20cmH2O），呼吸頻率15～25次/min，吸氣時間0.5～0.6S。
