根據病史、症狀、直腸指診、前列腺液檢查等一般診斷慢性前列腺炎並不難，但症狀複雜、體徵不典型者應與以下疾病相鑑別。
1.前列腺疼痛：這些患者表現爲持續尿頻、尿痛、排尿困難、會陰、下腹、腰骶等疼痛和不適，久坐和騎自行車後加重。直腸指診檢查兩側肛提肌壓痛明顯，前列腺觸診正常，無壓痛。過去，這種疾病被稱爲梨狀肌肛提肌綜合徵。前列腺液鏡檢查正常，細菌培養無生長。
2、前列腺膿腫：多爲急性細菌性前列腺炎併發症，多發生在50~60歲，半數患者有急性尿瀦留、尿頻、排尿困難、直腸不適、尿道膿液，有些伴有附睾炎。直腸指前列腺疾病側增大，觸摸柔軟，有波動感。偶爾前列腺膿腫會自然破裂到尿道或直腸，被誤認爲是直腸周圍的膿腫。
3.前列腺結石：指發生在前列腺泡和腺管內的結石。它與前列腺慢性炎症、前列腺液瀦留、腺管狹窄、代謝紊亂等因素有關。沉積在前列腺泡中的澱粉樣體，如草酸鈣、磷酸鈣、磷酸鎂等無機鹽，上皮細胞和炎性滲出物形成結石。患者可表現出慢性前列腺炎的各種症狀，但直腸檢查可觸及前列腺結石摩擦和骨盆X恥骨聯合區一側有陽性結石影，超聲檢查可在前列腺結石部位出現強光帶和聲影。
4.前列腺結核病：症狀與慢性前列腺炎相似，但常有泌尿繫結核病或其他部位結核病病變的病史。直腸指診檢查前列腺結節不規則，附睾腫大變硬，輸精管串珠狀硬結，前列腺液結核桿菌直接塗片或PCR檢測結核菌。
5、前列腺癌:晚期可出現尿頻、尿痛、排尿困難等症狀，但患者常有消瘦、乏力、貧血、食慾不振等明顯全身症狀，直腸指診前列腺有堅硬如石的腫塊，表面高低不平，血清前列腺特異抗原及前列腺酸性磷酸酶增高。前列腺穿刺活檢可發現癌細胞，超聲波檢查可見腺體增大，邊界回聲不整齊或有缺損，內部光點不均勻，癌腫部位有較亮光點或光團。
CT檢查顯示前列腺形態不對稱。如果腫瘤浸潤在包膜外，與膀胱後壁的組織間隙消失。CT前列腺癌的浸潤程度可以確定。
6.恥骨骨炎:臨牀上常表現爲慢性前列腺炎，但肛門診斷和前列腺液檢查正常。主要特點是恥骨聯合處有明顯的壓痛和骨盆攝入X線顯示恥骨聯合間隙增寬雙側恥骨上支水平相差10mm恥骨聯合邊緣不規則，有侵蝕性和反應性骨硬化。
