一、異物損傷:最常見的原因是直腸內異物損傷。未消化的骨片、木片或其他帶尖角的異物可直接損傷直腸粘膜引起直腸炎。此外，嚴重便祕時的硬糞塊可引起直腸炎。
二、中毒和感染症：發生滅鼠藥或重金屬（汞、砷等）中毒或者發生以胃腸炎爲主要特徵的傳染病時，常常繼發直腸炎。但是，此時，與直腸相比，其他胃腸道的病理變化更加嚴重，而且很多病例因此出現臨牀症狀。
三、良性腫瘤惡變:該病也是直腸炎發病原因之一，一般直腸家族性息肉病、直腸腺瘤、乳頭狀瘤等，在一定條件下也可引起惡性病變。
四、飲食因素:高脂肪、高蛋白、低纖維素飲食與直腸炎的發病有關。這是因爲高脂肪食物可以增加膽汁分泌，促進腸道細菌的生長，而膽醇、膽鹽在厭氧菌的作用下，形成不飽和膽固醇，如脫氧膽酸和石膽酸的增加，這兩種炎症的數量增加，促進直腸炎的發病。
五、慢性炎症刺激：長期的慢性炎症可能是引起肛門直腸炎的要素。例如慢性細菌感染、阿米巴痢疾、慢性非特異性結腸炎、休息室炎等，粘膜在肉芽腫、炎性變化和假息肉階段發炎。
六、良性腫瘤惡變:直腸家族性息肉病、直腸腺腫瘤、乳頭腫瘤等，在一定條件下也可引起惡性病變。
七、性病引起的性交不潔，肛門患尖銳溼疣或乳頭狀纖維瘤，長期摩擦刺激，可引起炎症。
八、家庭遺傳因素:基因變化的傳遞可以表現爲家庭性。
9、免疫功能異常:人體免疫功能異常，例如細胞免疫功能在患者中普遍存在，隨着細胞免疫反應性的降低，炎症的發生率提高，細胞免疫功能的抑制是炎症發展的主要因素。
十、痔瘡、肛瘻、肛裂、化膿性汗腺炎、毛囊炎等長期刺激肛門皮膚，也可引起炎變。
十一、血吸蟲患者的腸粘膜長期受到沉積卵的刺激，發生壞死、脫落，形成潰瘍，在上皮再生和增殖的基礎上發生息肉，引起炎症。
