①慢性細菌性痢疾:
常有急性痢疾病史，糞便培養可分離痢疾桿菌，腸鏡檢查時取粘液膿性分泌物培養陽性率高，抗菌藥物治療有效。
②慢性阿米巴痢疾:
病變主要侵犯右側結腸，也可累及左側結腸，結腸潰瘍深，邊緣潛行，潰瘍間粘膜正常。糞便檢查可找到溶組織內阿米巴滋養體或包囊，通過結腸鏡取潰瘍滲出物作腸檢更易找到阿米巴滋養體。抗阿米巴治療是有效的。
③結腸癌:
多見於中年以上，經常直腸檢查接觸腫塊，結腸鏡與x線鋇劑灌腸檢查值得鑑別診斷，應注意與潰瘍性結腸炎引起的結腸癌變差異。
④血吸蟲病：
有疫水接觸史，常有肝脾腫大，糞便檢查可發現血吸蟲卵，孵化毛蚴陽性，直腸鏡檢查在急性期可見粘膜黃褐色顆粒，活檢粘膜壓片或組織病理檢查發現血吸蟲卵。
⑤腸激素綜合徵:
伴全身神經官能症，糞便有粘液但無膿血，顯微鏡檢查只有少數白細胞，腸鏡檢查無器質病變證據。
⑥其他:
腸結核、缺血性結腸炎、僞膜性結腸炎、梭菌性結腸炎、放射性結腸炎、結腸息肉病、結腸休息室炎等應與本病鑑別。
