腸道菌羣是指定植在人體腸道內並長期與人體相互依存的細菌羣，包括40多個菌屬，400到500種菌種，數量達100萬億之多，是人體細胞的10倍，重量上相當於一個人的肝臟，佔健康成人每日排出糞便的1/3到2/5。
依據腸道菌羣在腸道內的分佈層次和存在情況，可以將其分爲膜菌羣和腔菌羣兩大類：膜菌羣又稱爲原籍菌，在出生後數天就能貼近黏膜表面定植，是長期居住的細菌，成年時仍保持較多數量，與定植部位的上皮有密切聯繫，如雙歧桿菌、厭氧乳桿菌、擬桿菌等；腔菌羣又稱外籍菌，主要存在於腸腔內，是數量少、不穩定的過路菌，如銅綠假單胞菌、腸球菌、大腸桿菌等。一旦腔菌羣的數量增多，就會引發疾病。
依據腸道菌羣與人體的關係，我們人爲地把它們分爲敵我友三大類：第一類是我們的朋友即有益菌如雙歧桿菌、嗜酸乳桿菌等；第二類是我們的敵人即有害菌如葡萄球菌、綠膿桿菌等；第三類是中間分子即中間菌如腸球菌、大腸桿菌等。不同人的腸道菌羣，其組成和數量存在個體差異，可能受個體的遺傳性控制。
