芡實副作用可能會出現上火或消化不良等，禁忌症包括便祕、腹脹、脾胃虛弱、幼兒及產後孕婦等。
芡實味甘，澀。如果長期服用可能會因其藥性固澀，引起食用者出現上火等症狀，並且芡實中所含物質較難消化，可能會造成消化系統負擔，使正常營養物質的吸收受到阻礙，引起食慾下降、噁心嘔吐等症狀。
芡實性質較固澀收斂，對於因內熱或外感熱邪所致的大便乾結便祕患者應忌食，並且如果一次性進食過多時，對於脾胃虛弱患者，其胃腸道消化能力較弱，會導致消化不良、腹脹等症狀，應適量減量或忌食芡實，並且對於產後一個月的孕婦或嬰幼兒，孕婦因其身體虛弱，脾胃運化能力不足，嬰幼兒則因消化系統尚未完善，無法對芡實有效消化，均需忌食芡實。
