羊水穿刺手術作爲一種產前診斷技術，加上操作是有創性檢查，因此存在以下幾種醫療風險：
1、該操作用細針穿刺進入羊膜腔，可能造成準媽媽出血、出血性休克、羊水外流、流產及傷及胎兒的可能。
2、因子宮畸形、胎盤位於前壁、腹壁太厚、羊水過少等原因可能導致穿刺失敗。
3、由於羊水細胞培養系脫落細胞體外培養受羊穿時間、標本是否混血、培養基污染等多種因素影響，羊水培養有失敗的可能，有時因爲崁合體而不能診斷。
4、受現有醫學技術水平的限制，羊水生化檢查、細胞學、和分子遺傳學分析有時難以確診，需進行進一步檢查。
5、如術前準媽媽存在隱形感染或術後衛生條件不佳，有發生宮內感染的可能。
6、準媽媽若合併心腦血管疾病，由於疼痛、緊張等刺激，有發生心腦血管意外的可能。
7、通過本次檢查，可以排除擬診斷染色體異常的疾病，但受現有醫學技術水平的限制，有時難以分辨染色體的某些微小異常，也不能排除一些多基因病、或其他原因導致的胎兒畸形或異常。
8、由於不可抗拒的外界影響如停電、地震或培養設備的損害等非人爲因素造成羊水培養失敗可能。
羊水穿刺的目的羊膜腔穿刺是用於確診胎兒是否有染色體異常、神經管缺陷以及某些能在羊水中反映出來的遺傳性代謝疾病。穿刺時用穿刺針穿過孕婦的腹壁刺入宮腔吸出少許羊水，進行羊水細胞和生物化學方面的檢查。此外，羊水穿刺檢查可測定血型、膽紅素、卵磷脂、鞘磷脂、胎盤泌乳素等，瞭解有無母兒血型不合、溶血、胎兒肺成熟度、皮膚成熟度、胎盤功能等。
羊水穿刺術的步驟1、在正式抽取羊水之前，醫師先幫準媽做超音波檢查，決定胎兒大小、懷孕週數、胎兒位置及胎兒數目；
2、在B超的幫助下，找出最適合下針的位置；
3、爲準媽媽消毒皮膚；
4、在準媽媽的肚皮上鋪上無菌單；
5、以20或22號脊椎穿刺針在超音波的引導下，逐步刺入之前選定好的羊膜腔內；
6、確定脊椎穿刺針已在羊膜腔內，開始以負壓將羊水抽出；
7、前面2毫升的羊水必須丟棄（怕引起母源細胞污染）；
8、大約抽出20毫升的羊水；
9、將穿刺針的內管置回；
10、回抽整支穿刺針；
11、在準媽媽肚皮的針孔上貼上繃帶，在羊水檢查室外稍坐休息10分鐘，如果沒有出現身體不適，準媽媽即可回家等待結果。
羊水穿刺的最佳時間做產前診斷最佳穿刺抽取羊水時間是妊娠16～24周。因爲這時胎兒較小，羊水相對較多，胎兒漂在羊水中，周圍有較寬的羊水帶，用針穿刺抽取羊水時，不易刺傷胎兒，抽取20毫升羊水，只佔羊水總量的1/20～1/12，不會引起子宮腔驟然變小而流產。
另外，羊水穿刺結果一般在術後2-3周出來，但具體時間會根據醫院的情況而定。需要明確的是，羊水穿刺的篩查目的並不是爲了診斷某一種疾病，而是篩選出患某一疾病可能性較大的人。也就是說，羊水穿刺結果只顯示胎兒可能畸形的風險，並不代表胎兒一定患病。
羊水穿刺的注意事項羊穿前：
1、如有過敏史，特殊疾病史和其他需要說明的情況，請在術前登記時告知醫生；
2、術前三天禁止同房；術前一天需要沐浴；術前10分鐘需要排盡小便；
3、若術前3-7天有感冒、發熱、皮膚感染等異常情況，請在術前登記時告知醫生。
羊穿後：
1、術後至少靜坐休息2小時後，方可乘車回家；外地病人當晚最好能在醫院的旅館附近休息，隔天后再回家，避免術後過於勞累；
2、術後24小時內不能沐浴，注意多休息，避免劇烈運動以及搬運重物等體力勞動；
3、術後半個月禁止同房；
4、術後三天裏如有腹痛、腹脹、陰道流水、流血、發熱等症狀，應速到醫院婦產科就診。
哪些準媽媽需要做羊水穿刺1、唐氏篩查高危的準媽媽；
2、曾生育過先天性缺陷兒，尤其是生育過染色體異常患兒的準媽媽；
3、夫婦一方是染色體異常者或平衡異位的攜帶者；
4、性連鎖遺傳疾病攜帶者，於孕中期確定胎兒性別時；
5、曾生育過神經管缺陷或此次孕期血清甲胎蛋白值明顯高於正常妊娠者。
