新生兒腦水腫的治療其實是預防重於治療。主要在於預防圍產期窒息的發生，要不斷提高產科技術，及時處理宮內窘迫，儘快結束分娩。生後窒息的嬰兒要及時復甦，以減少HIE的發生。
一般認爲，如經過綜合復甦措施，搶救20分種仍然不恢復自主呼吸或Apgar評分仍低於1分者，大腦已受到嚴重不可逆損。
1、一般治療。
保持安靜與休息，保證呼吸道通暢及輸氧，維持血壓、血糖、血電解質在正常範圍，及時糾正酸中毒。
2、重症監護。
進行心肺、血壓、顱內壓及腦電監護，嚴密觀察體溫、呼吸、神志、眼衝、瞳孔大小、前囟情況及有無早期驚厥的情況。維持血氣和pH在正常範圍。當出現心功能不全和休克時要及時處理。
3、維持熱量和適當限制液量。
一般生後3天之內液體量應限制在每口60～80ml/kg，輸注速度每小時4ml/kg。葡萄糖攝入量每天10～20g/kg，使血糖維持在4.2～5.6mmol/L，必要時給予靜脈高營養。應慎用碳酸氫鈉以免加重腦水腫。
4、抗腦水腫治療。可使用甘露醇、速尿及地塞米松等藥物進行綜合治療。
5、人工亞冬眠療法。凡急性腦水腫伴有發熱者，應使體溫在2～3小時下降至35～37℃，維持亞冬眠12小時左右，撤去冬眠藥物，逐漸復溫。
6、氧自由基清除劑。可選用維生素E、維生素C，超氧化物歧化酶，過氧化氫酶等。
7、液體療法。給予等滲或高滲（2.5%～5%）NaHC03液糾正酸中毒，根據病情邊補（水）邊脫（水）。
