長效口服避孕藥雖然使用簡便，長期避孕的效果也較好，但和其它避孕措施一樣，對女性會產生一定的副作用，其副作用大致有以下幾種。
1、類早孕反應：少數人服藥後可出現噁心、嘔吐、頭暈、食慾不振、睏倦等類似早期妊娠的反應，短效的作用輕些，長效的在服藥最初2～3個月的發生率高些。這些反應是由於避孕藥中雌激素的影響所致，一般在口服短效避孕藥5～6小時或口服長效避孕藥12小時出現。
2、皮膚褐斑：在服藥時間較長者中，有的婦女臉頰部可能出現像懷孕時那樣的蝴蝶斑，這是雌、孕激素引起的色素沉着。妊娠期已有色素沉着的人用避孕藥後容易發生，並且與日光照射有關。
3、白帶增多：一般在用藥2～3個月後其發生率增高，這是由於藥物中的雌激素使宮頸腺體分泌增加所致。白帶爲無色、透明、稀薄的水樣液體，對身體健康無影響，一般不需治療，或可服用止帶片、八珍湯等，有一定療效。
4、精神抑鬱：因避孕藥干擾色氨酸代謝，少數人在服藥期間可發生精神抑鬱、應停藥觀察並適當應用抗抑鬱藥治療。
5、藥物性皮疹：可表現爲結節性紅斑樣丘疹、疤疹或單純皮疹，可有癢感。
6、血壓升高：以長效避孕藥多見。正常血壓者服藥後僅少數人血壓增高，約佔4%；原有高血壓者，服藥後血壓進一步增高者約佔20%。如發現有血壓升高直停藥。
