急性腸胃炎可以在醫生指導下應用止瀉藥物、口服補液、水電解質平衡藥物和抗感染藥物治療。
常用的止瀉藥物有蒙脫石散、黃連素、腸炎寧片等。常用的微生態製劑有枯草二聯活菌膠囊或者顆粒、布拉氏酵母菌散、複方嗜酸乳桿菌片等。可以口服補液鹽來補充水電解質平衡。也可以靜脈應用補充水電解質平衡的藥物治療，同時注意完善血常規、C反應蛋白、大便常規、大便培養等檢查，進一步的評估病情。如果是細菌感染引起的腸胃炎，還需要配合應用廣譜的抗感染藥物治療。注意根據大便培養的結果，及時調整敏感的抗生素。控制感染後及時減量或者是停用抗生素。治療期間動態的複查電解質的變化，警惕嚴重電解質紊亂引起的不良預後。注意動態的複查血壓、心率等生命體徵的變化，警惕嚴重脫水引起的缺血缺氧性腦病。
急性腸胃炎患者要少喝碳酸飲料。碳酸飲料含有大量的果糖，腸胃不好的人往往不能很好地吸收果糖，導致腸胃不適。少喝咖啡。咖啡中含有咖啡因，會刺激腸胃，使其分泌過多胃酸。少吃油膩的食物。對於腸胃不好的人來說，脂肪是一個巨大的消費負擔，因爲高脂肪食物很難消化。注意清淡飲食。不要吃刺激性食物，避免辛辣食物。注意休息，防止過度疲勞。不要吃不乾淨的水果。西瓜和水果在生長、收集、處理和銷售過程中容易受到細菌污染。避免吃刺激性食物，尤其是酒精。注意餐具衛生。餐具應在使用前和使用後進行清潔。
