抗生素：酸奶中的活性乳酸菌會被體內的抗生素殺死，所以服用羅紅黴素、四環素、氯黴素和其他對乳酸菌敏感的抗生素，必須錯過喝酸奶的時間。首先，乳酸菌對這些藥物很敏感，其次，抗生素和酸奶中的鈣離子在腸道中形成複合物，大大降低了藥物的吸收，降低了療效。
雖然同時服用酸奶會影響療效，但服用抗生素後2小時飲用酸奶可以調節食慾不振、噁心嘔吐、頭暈等症狀。
含鐵藥物:硫酸亞鐵、富馬酸亞鐵(富血鐵)、琥珀酸亞鐵、檸檬酸鐵銨、緩釋鐵等含鐵製劑。是女性和兒童缺鐵性貧血的常用藥物。酸奶中的鈣離子可以與十二指腸中的鐵競爭，減少鐵的吸收，降低療效。
強心藥：當心力衰竭患者使用洋地黃、地高辛等強心藥物治療時，如果同時喝大量酸奶，可能會出現黃視等中毒症狀，甚至發生事故，因爲酸奶中含有的鈣會增加這些強心苷的毒性。
降血糖藥物：二甲雙胍會增加體內的乳酸，而酸奶中含有大量的乳酸菌，進入人體也會增加乳酸的量。如果長期服用二甲雙胍，喝酸奶會導致體內乳酸的積累，並可能導致乳酸中毒。爲了避免體內乳酸的積累，其他乳製品可以在服用二甲雙胍時代替酸奶。
降壓藥：嚴重高血壓患者在使用優降寧等降壓藥物時，如果同時喝酸奶或吃其他乳製品，可能會導致血壓突然升高，嚴重者會繼續升高血壓，甚至出現高血壓危象。
