得了慢性腸炎應該調整和控制飲食，要避免辛辣刺激的飲食，避免油膩、生冷的食物，避免飲酒。另外，要注意精神情緒的調節，避免焦慮、緊張，要調整工作、生活的節奏，避免過於勞累，要注意腹部不要受涼，如果有明顯腹瀉，可以對症服用蒙脫石散。多數慢性腸炎都伴有腸道菌羣失調，可以服用各種益生菌。
慢性腸炎有多種病因，需要到醫院就診，針對不同的病因採取相應的藥物治療。如果是感染性腹瀉，常常需要使用抗生素治療。如果是結核桿菌引起的腸炎，需要進行正規的抗結核治療。如果是自身免疫性疾病，比如炎症性腸病，需要進行長期的免疫調節治療或者美沙拉嗪、生物製劑治療。由於有些腸炎，如腸結核或者炎症性腸病需要長期服藥，因此應該在長期的治療過程中遵從醫囑，定時來醫院隨診。
