僅僅依靠黃連素治療腹瀉是不合適的，用黃連素預防會更加錯誤。黃連素是普通人常用的藥物和多種藥物。如果有胃病，幾片藥往往會很有效。
有些人只是想當然地用黃連素來預防腹瀉，出去吃飯或玩，爲了避免腹瀉，提前吃幾片。
事實上，這種做法容易引起細菌的耐藥性，對治療腹瀉有害。腹瀉的原因有很多，可能是對某些食物過敏，也可能是吃不乾淨的食物引起的感染，也可能是腸易激綜合徵的表現。面對腹瀉發作，在對症治療前，首先要找出原因。除腹瀉引起的細菌感染外，其他幾種腹瀉不需要服用抗生素。就細菌感染腹瀉而言，黃連素只適用於輕度炎症，重度炎症應使用抗炎作用較強的抗生素。
需要注意的是，由於黃連素有一定的固澀止瀉作用，有些人服用黃連素後可能會停止腹瀉，但隨後便祕。如今，許多人患有腸易激綜合徵。這種疾病不是由腸器質性病變引起的，而是與腸神經功能密切相關。患有這種疾病的人，有的表現爲腹瀉，有的表現爲便祕，有的表現爲。
有些人服用黃連素後腹瀉有所改善，這可能只是一種錯覺。長期這種治療可能會導致腸道菌羣紊亂和運動功能紊亂，從而影響腸道自我調節能力，甚至形成惡性循環。食物過敏引起的腹瀉需要找到遠離過敏原的過敏原，這與抗生素無關。吃黃連素來"預防"腹瀉，更是錯上加錯。這是一種細菌"挑逗"行爲，不但沒有任何好處，反而會使細菌產生抗藥性。
用於預防的劑量通常不會太大，細菌很容易抵抗藥物"獲勝"。假如經常這樣"鍛鍊"細菌，只能使細菌"抵抗"經驗豐富，由弱變強。服用黃連素預防腹瀉無異於服用黃連素"挑逗"腸道細菌有害無益。
