急性腸胃炎生活中多見於細菌感染所致，且多見於沙門菌感染。如果血常規提示有細菌感染，首先是抗生素類藥物治療，可以給予喹諾酮類的抗生素，必要時聯合使用頭孢類抗生素以及氨基糖苷類的抗生素。
除此之外就是對症處理。如果平滑肌痙攣出現腹痛，就需要給予解痙止痛的藥物，比如說選擇山莨菪鹼注射液。如果脫水明顯，可以給予靜脈輸液、葡萄糖鹽水或鉀離子以補液，經過積極治療，症狀已經好轉，噁心、嘔吐的症狀消失，這個時候可以在醫生指導下給予口服藥物。
那麼口服藥物的選擇原則上和靜點是一樣的，如果合併細菌感染可以選用抗生素。如果腹脹、胃部不適明顯可服用助消化的藥物。如果腹痛明顯，可以選擇山莨菪鹼片或者是顛茄片，有助於改善症狀。如果腹瀉明顯，可以選擇益生菌和蒙脫石散。此外某些中成藥，比如說藿香正氣膠囊，這些對於急性胃腸炎的治療也是有較好的作用的。
