1、引起肛腸疾病。便祕時，排便困難，糞便乾燥，可直接引起或加強肛腸疾病。如直腸炎、肛裂、痔瘡等。
2、腸胃神經功能紊亂。便祕時，糞便會積存，有害物質的吸收會導致胃腸神經功能紊亂，導致食慾不振，腹脹、嘎嘎、口苦、肛門排氣多等表現。
3、形成糞潰瘍。較硬的糞塊壓迫腸腔使腸腔狹窄及盆腔周圍結構，阻礙了結腸擴張，使直腸或結腸受壓而形成糞便潰瘍，嚴重者可引起腸穿孔。
4、患結腸癌。可能是因爲便祕導致腸內致癌物長期無法排除，據資料顯示，嚴重便祕者約10%患結腸癌。
5、誘發心、腦血管疾病的發作。臨牀上便祕加強腹壓，屏風排便引起的心腦血管疾病的發作有逐年增加的傾向。如誘發心絞痛、心肌梗塞發作、腦出血、中風猝死等。
6、引起性生活障礙。這是因爲每次排便時間長，直腸疲勞、肛門收縮過緊、骨盆底部痙攣性收縮，不射精或性慾減退，性生活沒有高潮等。
7、容易引起女性痛經、陰道痙攣、尿積、尿路感染等症狀。
8、影響腦功能。便祕時代的謝物長期滯留在消化道上，細菌的作用產生大量有害物質，如沼氣、酚、氨等，這些物質部分擴散進入中樞神經系統，干擾大腦功能，突出表現是記憶力下降，注意力分散，思維遲鈍等。
