與感染、普通感冒、細菌性肺炎、衣原體肺炎、支原體肺炎、感染性非典型肺炎、腸道病毒感染、鉅細胞病毒感染、鉤端螺旋體病、感染性單核細胞增多症等疾病進行鑑別診斷。
1、與流行性感冒鑑別
流行性感冒一般分爲甲、乙、丙三種。乙丙流行性感冒一般只在人羣中傳播，很少傳染其他動物。甲型流行性感冒大部分是禽流感，禽流感病毒一般很少發病。禽流感主要傳播在鳥類中間，偶爾會感染人，其臨牀表現與人類流行性感冒相似，但人類禽流感症狀重，併發症多，與普通流感有一定差異。
2、細菌性肺炎
主要有輻射、毒氣、藥物、過敏性肺炎等感染性和理化性，臨牀上細菌、病毒、衣原體、支原體、立克次體、真菌和寄生蟲等感染性肺炎，其中細菌最常見。
3、衣原體肺炎
肺炎衣原體與鸚鵡熱和砂眼衣原體有同樣的特異性抗原，其他特異性抗原血清學的特徵不同。通常，DNA雜交試驗和限制性核酸內切酶分析確認了與砂眼和鸚鵡熱衣原體不同的第三個衣原體。
